MES和ERP既存在分歧也有着很多的联系。只有将二者有机结合起来，各司其职，方能为企业带来最佳的管理效率和经济效益。ERP与MES一起构成计划、控制、反馈、调整的完整闭环系统，通过接口进行计划、命令的传递和实绩的接收，使生产计划、控制指令、实时信息在整个ERP、MES、过程控制系统、基础自动化的体系中透明、及时、顺畅地交互传递。同时，可使MES系统的生产计划更合理，使ERP系统的数据更及时有效，工作效率更高。
ERP与MES集成有三种模式：封装调用集成模式，间接集成模式和直接集成模式。
ERP与MES的集成分析作为管理决策层与控制层之间的一个中间层，MES起到为ERP层和控制层传递相关计划与控制信息的作用。
ERP系统自上而下的驱动数据主要来源于客户订单和销售预测两个方面，在ERP进行处理后将生成采购订单和自制的工作订单。生成的采购订单可以直接下达给相关采购部门，或者可以与SCM系统进行集成，从而可以及时跟踪、监控相关物流状态。生成的自制件的工作订单一般会下达到相关车间的MES中，工作订单中包含物料、生产数量、完工时间等相关信息。与自制件的工作订单同时下达到MES中的还会有相关的标准物流BOM、标准生产工艺、相关设计文档等，MES根据这些相关信息，对相关资源进行分配，对相关工序进行梳理，对生产调度进行安排，并将产生的工作指令下达给底层控制的工人、设备或控制系统，同时将控制系统需要的控制系统参数发送给控制层。
自下而上的信息流将底层控制系统的相关信息实时传送到MES层，再经MES处理后传送到ERP层，控制层会在工作的同时或者工作完成后将底层的相关信息实时传输给MES。MES在得到底层信息后，将对某些信息进行处理，并将处理结果反馈给ERP系统，这些反馈信息对ERP系统至关重要。
ERP与MES是智能工厂建设的两个重要软件，既相互独立，又相互集成，相互交付，只有深入研究ERP与MES的特点与规律，才能用好ERP与MES集成的模式与方法，更好地为智能工厂建设服务。