机械制造ERP系统在实施和运行过程中可能会遇到的问题主要包括：

1.在制品管理困难：由于机械制造行业生产流程复杂，从第一道工序到最后一道工序可能需要较长时间，导致在制品的管理变得困难。

2.生产情况复杂，现场管理不易：生产过程中存在许多不确定因素，需要加工的零件和材料众多，数据统计困难，管理人员难以及时掌握现场情况。

3.委外管理难度大：特殊工艺需要外包，或者客户需求大时，需要外包一些订单，但传统人工操作管理难以应对复杂情况，生产进度无法实时掌握。

4.设计任务繁重和频繁变更：BOM更新不及时、各环节数据不一致等问题，导致生产混乱，影响交货，缺乏科学规范的工程变更管理，可能导致材料呆滞，库存积压。

5.成本核算困难：没有科学的成本分析依据，难以计算出产品的盈亏数据，也无法掌握真实的经营情况。

6.工序检验困难：生产过程中需要进行工序交接的检查，传统方法需要手动记录或仅在存储后记录，如何科学地进行检验，及时记录检验信息，是困扰质检部门的问题之一。

7.安全性问题：包括数据泄露和数据损坏、非授权访问、缺乏审计和检查功能。

8.功能性问题：自定义开发困难、集成不充分、零售需要复杂。

9.实施和执行问题：实施时间过长、用户培训难度大、可扩展性差。

10.性能问题：数据集成问题、数据质量问题、系统响应时间慢。

11.项目管理不善，缺乏整体规划：项目缺乏明确的时间线、预算控制和风险管理。

12.系统集成不当，信息孤岛：ERP系统与企业其他信息系统集成不顺畅，导致信息孤岛。

企业在实施ERP系统时，应充分考虑这些潜在问题，并采取相应的规避策略，以确保ERP项目能够顺利实施并发挥其应有的价值。